Bảo vệ rạn san hô là quá trình sửa đổi những hoạt động của con người để tránh ảnh hưởng xấu tới những rạn san hô khoẻ mạnh và để giúp phục hồi những san hô bị thiệt hại. Chiến lược chủ yếu trong việc bảo vệ san hô bao gồm việc xác định những mục đích lớn, bắt đầu sự kiểm soát tích cực và thiết thực cũng như kết nối cộng đồng để giảm bớt những nguyên nhân gây ảnh hưởng san hô. Một kỹ thuật quản lý đó là tạo ra những khu bảo tồn biển trực tiếp hạn chế lại những hoạt động của con người như là đánh bắt cá.Bộ môn giải trí lặn có bình khí có thể gây ra những tác động xấu đến rạn san hô nhiệt đới, trong đó chủ yếu là những san hô đá phân nhánh có đặc tính yếu và dễ gãy. Tình trạng này có thể giảm bớt bằng cách cải thiện lực nổi và kĩ năng sử dụng thiết bị lặn của người tham gia lặn cũng như giáo dục cho họ ý thức về hậu quả của việc hành động sai sót tác động đến hệ sinh thái san hô như thế nào.Thông thường những đơn bào san hô cần khoảng 10 000 năm để hình thành rạn san hô, và một rạn san hô cần từ 100 000 đến 30 000 000 năm để phát triển hoàn toàn.